Consiste nell'entrare con delle sonde (elettro-cateteri) nell'atrio sinistro, procedura possibile solopraticando un piccolo foro nel setto muscolare che divide la camera atriale destra da quella sinistra (puntura transettale, attraverso un apposito ago introdotto attraverso la vena femorale). Questi elettro-cateteri permettono il mappaggio elettrico delle vene polmonari (le strutture anatomiche dalle quali provengono la stragrande maggioranza delle fibrillazioni atriali) e, nel contempo, la "bruciatura" tutto intorno agli sbocchi delle vene polmonari nell'atrio sinistro. Si crea così una barriera anatomica che non permette più a qualsiasi attività elettrica (e quindi ad eventuali aritmie) di passare dalle vene polmonari all'atrio sinistro e di creare le premesse per l'innesco della fibrillazione atriale.
Quando questa operazione non risulta sufficiente, vengono eseguite anche delle linee di "bruciatura" lungo le pareti dell'atrio sinistro. Se questo ancora non dovesse bastare (ma questo in genere si verifica nel caso di fibrillazioni atriali persistenti/permanenti o di recidive post-ablazione), si effettua un mappaggio dei “potenziali atriali frammentati” (CFAEs) e/o dei gangli nervosi parasimpatici presenti nell'atrio sinistro, che vengono poi opportunamente "bruciati". Si parla di "bruciatura" perchè la corrente a radiofrequenza erogata sulla punta della sonda che opera l'ablazione non fa altro che innalzare localmente la temperatura tra i 40 ed i 50°C ed elettro-coagulare, quindi, il tessuto. Chiaramente, allo scopo di effettuare un mappaggio quanto più dettagliato possibile, si utilizzano almeno altri due elettro-cateteri che vengono posizionati in parti diverse del cuore. Alla fine gli elettro-cateteri da inserire nel cuore saranno 3 o 4. Come si inseriscono? Attraverso una puntura della vena femorale (all'inguine) e della vena succlavia (sotto la clavicola) o della vena giugulare (sul collo).